El comportamiento geoquímico de materia orgánica total (MOT), carbono orgánico total (COT), nitrógeno total (NT) y fósforo total (PT) fue evaluado en los sedimentos superficiales de las bahías Oeste (BO) y Este (BE) de El Morro de Puerto Santo, así como la relación COT/NT para conocer los ciclos biogeoquímicos presentes, que permitirán en estudios futuros valorar las repuestas del ecosistema a la intervención antrópica. Las concentraciones de NT variaron en la BO y BE en 464 a 278x103 y 570 a 998 mg/kg, respectivamente, mientras que el PT presentó variaciones entre 300-1,04x103 en la BO y 72,1-241 mg/kg en la BE. Valores de COT, MOT y CaCO3 promediaron en 2,67, 9,09 y 28,6% respectivamente en la BO y 0,49, 1,35 y 51,6% en la BE. El análisis de Kruskal Wallis mostró diferencias significativas entre las medianas de ambas bahías para los parámetros geoquímicos a un nivel de significancia p<0,0001, sus máximas concentraciones se registraron en la margen litoral y zona central de la BO con poca variabilidad entre las estaciones de la BE. La razón COT/NT estimó para la BO una mezcla de fuentes marinas, terrestres y fuerte contaminación orgánica (COT/NT=3,76-81,9), mientras que para la BE, la deposición de MOT en el sedimento es de origen autóctono (COT/NTprom=6,48) asociada a procesos de surgencia costera. Las concentraciones y patrones de distribución de NT y PT en los sedimentos son característicos de la geoquímica de cada ambiente sedimentario y están asociadas a las actividades antrópicas desarrolladas en sus márgenes.