El incremento de las concentraciones de CO2 atmosférico ha intensificado procesos como la acidificación de ecosistemas acuáticos, donde los humedales, a pesar de su vulnerabilidad climática, cumplen un rol crucial como sumideros de carbono. Con el objetivo de caracterizar la dinámica espacio-temporal del sistema carbónico en el humedal El Hato, se realizaron muestreos mensuales entre enero y diciembre de 2015 en cinco estaciones y dos estratos de profundidad. Se midieron parámetros físico-químicos y biológicos, y los componentes del sistema carbónico se calcularon mediante el programa CO2SYS a partir de pH y alcalinidad total. Los análisis estadísticos incluyeron pruebas no paramétricas, correlaciones de Spearman y análisis multivariado. Los resultados evidenciaron una variación significativa de la alcalinidad total (406,29-1650,62 μmol/l) y del carbono inorgánico total (268,49-1948,58 μmol/l), con máximos durante la época de lluvias y mínimos en sequía. El pH mostró un rango inusualmente amplio (5,6-11,2), asociado tanto a la litología cárstica como al metabolismo autotrófico. Predominaron condiciones subsaturadas de calcita y aragonita (Ω < 1), con un breve episodio de sobresaturación en agosto. Además, se observaron diferencias verticales en fCO2 y eventos de acidificación vinculados a la respiración bacteriana y a la lixiviación de carbonatos. En conclusión, la dinámica del sistema carbónico en este humedal está modulada por la estacionalidad hidrológica, la geología local y la actividad biológica, lo que determina una alta variabilidad y limitada capacidad amortiguadora frente a la acidificación. Estos hallazgos resaltan la importancia de incluir humedales cársticos en programas de monitoreo y gestión ambiental en escenarios de cambio climático.