Se examinaron las relaciones entre algunas variables fisicoquímicas y la biomasa fitoplanctónica a corta escala en una zona de la Bahía de Mochima sometida a descargas de aguas servidas en la época de lluvias. Se midió amplitud mareal, salinidad y temperatura, concentración de nutrientes y biomasa fitoplanctónica a 0, 5 y 10 m cada seis horas del 2 al 10/08/2006. Se analizaron las diferencias temporales y espaciales de las variables y las relaciones entre estas. La máxima amplitud mareal fue de 51 cm; la salinidad (30-40) fue más alta durante la noche lo que coincidió con el cese de la actividad de los pobladores de la localidad pueblo. La distribución vertical de la temperatura mostró que la columna de agua se estratificó formándose dos capas (0-5 y 5-10 m). La concentración de nutrientes fue alta (promedios de 4,74, 0,17, 0,45 ìmol l-1 para amonio, nitrito y fosfato, respectivamente) y varió significativamente con respecto a los días. En el caso del nitrito, se observaron diferencias verticales muy significativas. La biomasa fitoplanctónica (0,11-12,39 mg chl a m-3) presentó variaciones diarias y verticales muy significativas que se correlacionaron positivamente con la salinidad y negativamente con la concentración de amonio. La marea influyó sobre la concentración de nitrito y fosfato, posiblemente por la resuspensión de los sedimentos. La precipitación, las aguas de la laguna de oxidación y el aporte de los sedimentos se relacionaron con las altas concentraciones de nutrientes (> 0,25µmol l-1) y de biomasa, típicas de aguas eutrofizadas. La variabilidad diaria detectada en la concentración de nutrientes y biomasa fitoplanctónica obliga al aumento en la frecuencia de muestreo durante la época de lluvias.