En este estudio se evaluó los niveles de metales pesados y la estabilidad lisosomal en el mejillón verde Perna viridis, colectados en dos localidades costeras del estado Sucre (Chacopata y Río Caribe), durante las temporadas de lluvia y sequía. Se recolectaron 60 mejillones por localidad y temporada climática mediante buceo libre. Luego cada grupo de organismos fue medido y pesado, para posteriormente hacer la determinación de la estabilidad lisosomal de los hemocitos, la cual se realizó mediante la técnica de tinción del rojo neutro. La cuantificación de metales (Cu, Ni, Mn, Co, Cd, Pb, Zn y Fe) en los tejidos blandos de los organismos, se determino mediante espectrofotometría de absorción atómica. La estabilidad lisosomal y los niveles de metales pesados mostraron diferencias significativas entre períodos para ambas localidades. Se encontró asociación positiva significativa entre la talla con Cu y Mn durante sequía en Chacopata, mientras que en Río Caribe el Fe mostró una asociación inversa con la talla. En relación a la desestabilización de las membranas lisosomales y los metales pesados, se pudo apreciar una asociación positiva significativa con el Pb durante sequía para Chacopata, mientras que para Río Caribe, se observó una asociación significativa e inversa con el Zn. Los niveles de metales pesados en los tejidos de ambas poblaciones de mejillones están dentro de los valores permisibles por organizaciones internacionales (FAO, BFL y FDA) a excepción del Fe y el Zn, sugiriéndose poco impacto de contaminación en las localidades estudiadas.