Los ecosistemas acuáticos continentales, lénticos y lóticos, son componentes esenciales de la biosfera porque generan bienes y servicios ecosistémicos que respaldan la vida humana y la biodiversidad. Los índices de la calidad del agua y del estado trófico se han vuelto instrumentos fundamentales para diagnosticar y transmitir la situación ecológica en estos ecosistemas. El objetivo de este trabajo fue evaluar la funcionalidad e identificar procesos internos de liberación y/o retención de fósforo en los sedimentos de la laguna de Castillero a través del índice funcional de vulnerabilidad trófica (IVT-Ecológico). El índice se creó considerando la interrelación entre elementos fisicoquímicos y geoquímicos (pelágicos y bentónicos), incluyendo algunas variables que promueven la liberación del fósforo, así como las que actúan como estabilizadores o amortiguadores del sistema (PBD, P-O, P-Ad+Fe; PO4³-, NOₓ, DO, TSS; pH, CaCO3). Los resultados fueron comparados con análisis multivariado de ACP. Se determinó un valor IVT= 3,77 lo cual permite clasificar a la laguna como un sistema con retención y reciclaje de fósforo como resultado de la acumulación de fósforo lábil; sin embargo, estos procesos son débiles. Los resultados son consistentes con los aportados con los ACP y los índices W e IEP. Estos resultados confirman que el IVT-Ecológica es un indicador fiable para identificar vulnerabilidades tróficas con una buena sensibilidad, por lo tanto, se aconseja usarlo en programas de monitoreo, en procesos de eutrofización, estudios comparativos y en la administración de ecosistemas tropicales.