En vista de la poca información existente acerca de la calidad de las aguas del Parque Nacional Archipiélago de Los Roques, se planteó el objetivo de caracterización fisicoquímicamente, así como también estimar la producción primaria del fitoplancton. El estudio se inició en el extremo Sur-Occidental del Archipiélago, en el área del Cayo Dos Mosquises. Se realizaron muestreos mensuales durante un año (julio de 1988-Junio de 1989). Los valores promedio de los principales factores físico-químicos estudiados fueron: Nitrato 2,03 µg.L-1; nitrito 1,16 µg.L-1; amonio 3,25 µg.L-1. La concentración de clorofila "α" varió entre 0,36 y 1,73 mg.m-3. (promedio de 0,64 mg.m-3). mientras que la producción primaria del fitoplancton varió entre 3,56 y 43,90 mgC.m-2.día-1 (promedio de 16,98 mgC.m-2.día-1). Se encontró una correlación positiva significativa entre la producción primaria y la concentración de clorofila "α" (r--0.567; p<0,05). La relación Carbono (C) inorgánico: Nitrógeno (N) total: Fósforo (P) total fue de 106: 12,88: 0,05, lo cual parece indicar que el fósforo es el principal factor limitante de la producción fitoplanctónica. Las bajas concentraciones de nutrientes y de pigmentos fotosintetizadores, así como también los bajos valores de producción primaria, permiten afirmar que las aguas del Cayo Dos Mosquises son de carácter altamente oligotrófico, lo cual es propio de los sistemas de arrecifes coralinos.