Se estudió la variación a corto plazo del micro y mesozooplancton en la bahía de Mochima, Venezuela, asociadas a fertilizaciones alternantes entre escorrentía por las lluvias y descarga de efluentes. Las muestras se tomaron cada seis horas entre el 03 y 10 de agosto de 2006, empleando una bomba eléctrica de diafragma, a 0; 5 y 10 m de profundidad, obteniéndose un total de 192 muestras. Se midió la amplitud mareal, salinidad y temperatura, concentración de nutrientes y biomasa fitoplanctónica. La salinidad varió entre 30 y 40, siendo más alta durante las horas nocturnas, coincidiendo con el cese de la actividad antropogénica. La distribución vertical de la temperatura mostró que la columna de agua se estratificó formándose dos capas (0-5 y 5-10 m). La concentración de nutrientes fue alta (medias de 4,74; 0,17; 0,45 µmol l-1 para amonio, nitrito y fosfato, respectivamente) y varió significativamente con respecto a los días. La biomasa fitoplanctónica (0,11-12,39 mg Chl a m-3) presentó variaciones diarias y verticales significativas que se correlacionaron positivamente con la salinidad y negativamente con la concentración de amonio. Durante todo el estudio, tanto por profundidades como por horas, la densidad intradiaria del microzooplancton fue mayor (> 125000 org l-1x1000) que la del mesozooplancton (> 13000 org l-1x1000), de igual manera se contabilizó mayor número de grupos zooplanctónicos para el micro (2), siendo los copépodos y los cladóceros los grupos de mayor representación, mientras que para el mesozooplancton se registraron 14 grupos, dominando los cladóceros (> 60 %), seguido por copépodos (>16,43%) y huevos de peces (> 0,60%). El microzooplancton presentó variaciones intradiarias; mientras que las dos tallas mostraron diferencias con respecto a las horas de muestreo, presentando las mayores densidades en las horas nocturnas (22:00 y 4:00 horas), evidenciándose el fenómeno de migración vertical diaria (DVM). Las precipitaciones, las aguas de la laguna de oxidación y el aporte de los sedimentos causaron las altas concentraciones de nutrientes (> 0,25µmol l-1) y de biomasa fitoplanctónica, sugiriendo que la bahía muestra indicios de eutrofización. La gran variabilidad en la concentración de nutrientes y densidad zooplanctónica impone restricciones en la frecuencia de muestreo en el área estudiada.